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De CIGAM WIKI
Pergunta
Inconsistência NF de importação gerada pela rotina COMEX "Subquery returned more than 1 value. This is not permitted when the subquery follows =, !=, <, <= , >, >= or when the subquery is used as an expression". A situação ocorre se já houver uma outra nota fiscal com a mesma série e numeração cadastrada no sistema.
Resposta
Verificamos que ocorre por ter sido utilizada numeração e série oficial em registro de notas de entrada emitidas por terceiros, para alinhamento é necessário acessar o TO da nota com inconsistência e desmarcar a flag "gerar nf de entrada no Faturamento/Compras", então excluir a NF e inutilizar a numeração no sefaz, desta forma habilita a efetivação de nova NF.